1997年南京江宁第一家上元药店开业，随着业务的日益扩大，南京上元堂医药股份有限公司于2002年正式成立，从此迈向企业化经营管理。2014年7月31日，上元堂成功挂牌上市，成为江宁区本土上市公司。
上元堂总部坐落于风景优美、人杰地灵，有着深厚文化历史的南京古城区——江宁，是一家全年通过国家GSP认证，集经营沉香制品、药品、保健食品、中药饮片配方、医疗器械等为一体的股份制企业。公司目前在册执业药师共有43人，经营（中）药师超过120人，药师及以上职称已占门店总人数的70%以上，各门店的执业药师配备数量也远远超过行业平均水平。
南京上元堂创立人杨念明先生作为中医中药文化的传承者，深知沉香不仅在传统中医药文化中作出了巨大贡献，更是在中国香文化中有着举足轻重的地位。杨念明先生潜心研究沉香十几年，访遍两广、云南、海南、台湾、越南、柬埔寨等地，收藏了众多稀世沉香，终于在21世纪的第一个十年，隆重推出了华东地区较大的上元堂沉香馆，馆内沉香珍品琳琅满目，优雅香气沁人心脾。杨念明先生带领着上元堂全体员工，立志传承中国三千年多年的沉香文化，让更多的人来了解沉香、喜爱沉香，通过香文化，修身养性、传达情谊，传承和发扬悠久的中华香文化，为复兴沉香文化事业尽自己的一份力，并给石头城的人们带来一种时尚健康的生活观念。公司未来已将沉香文化融入上元堂品牌之中，以形成上元堂独有的品牌特色。
经过多年的诚信经营，在创始人杨念明先生的带领下，公司一直以“把上元堂药店做成全国专业的医药零售连锁品牌企业”为目标，本着以“质量是企业生存的基础，质量是企业发展的保证”为企业基石，秉承“终生学习 智慧经营 达善社会”的经营理念，与时俱进，努力不懈为广大百姓提供优质的产品与真诚、专业的服务。公司现已拥有28家门店，一家特色沉香馆、1000㎡的电子商务部以及一家特色中医门诊部。
2014年7月上元堂在全国中小企业股份转让系统成功挂牌，从此迈入了新的跨越式发展阶段。
